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网络药理学(系统药理学)自动化

2021.09.24更新

特别说明

本文档Rmd是R Markdown文件,如果你还不会使用R Markdown,请你一定学习一下,因为这是个革命性的写作工具,我已经在医咖会出了新课 欢迎大家来学习

课程地址 R Markdown学术写作系列教程

课程源码 https://gitee.com/hao203/rmd_china

介绍

网络药理学(系统药理学)自动化 Network pharmacology / systems pharmacology auto-analysis

视频教程地址 https://www.bilibili.com/video/BV1mK4y1D7AZ

软件架构

分为两部分,一个是别人用python做的程序,可以直接用来进行tcmsp的爬取和Uniprot的ID转换,当然加Symbol也不在话下。 快速爬取TCMSP并进行uniprot的ID转换

另一个是我自己做的程序,主要是通过R语言的rvest包进行爬取,并进行自动化处理 适用于旧版TCMSP https://old.tcmsp-e.com/,文件名为tcmsp auto old.Rmd

另一个是新版TCMSP https://tcmsp-e.com/。由于新版需要登录验证,暂时无法实现自动爬取,需要手动复制一下,但也比一页一页手动要强太多。

安装教程

  1. python程序无需其他额外安装,git clone命令到本地,在文件夹运行即可
  2. R语言包为我自己用R markdown编写,需要安装R基础包和Rstudio
  3. R依赖的包- rvest|stringr|jsonlite|xlsx,使用前请安装

使用说明

  1. 首先安装Rstudio和R
  2. 接着安装必要的包 rvest|stringr|jsonlite|xlsx 。这里特别注意rvest不知是系统bug还是R包镜像更新不及时,如果直接通过Rstudio安装,运行会出现错误,因为官方该包的版本为0.99,而直接安装却是0.36。请运行remotes::install_github("tidyverse/rvest")安装。
  3. 运行R里面的代码即可。output.xlsx文件是输出结果,每做一个药,就要重新保存。

欢迎关注我

  • 公众号,小梁医生

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